W dniu 8 stycznia 1919 roku naczelnym wodzem wojsk powstańczych mianowany został Generał Józef Dowbor Muśnicki. Kilka dni później przybył do Poznania, a w dniu 16 stycznia 1919 roku formalnie objął dowództwo nad powstaniem.
Jego działania polegały na uporządkowaniu teatru działań, utrzymaniu zajętych wcześniej obszarów oraz stworzeniu Armii Wielkopolskiej. Zreorganizował fronty – ustanawiając front południowy, północny i zachodni. Główne jego działania polegały na organizowaniu wojsk wielkopolskich, powstających ze scalenia oddziałów powstańczych oraz poboru do wojska kolejnych roczników. Ściągnął polskich oficerów z armii austriackiej, rosyjskiej oraz z legionów, wprowadził jednolite umundurowanie oraz przepisy i regulaminy.Armia Wielkopolska liczyła 100.000 żołnierzy.
Po podpisaniu rozejmu w Trewirze, nadal dowodził frontem wielkopolskim, który zlikwidował po wejściu w życie postanowień Traktatu Wersalskiego przyznającego Polsce tereny zajęte przez powstańców. Jesienią 1920 roku przeszedł do rezerwy, a rok później w stan spoczynku. Zakupił majątek w podpoznańskim Lusowie, gdzie osiadł i gospodarował do końca życia.
